تعني رئاسة الحرمين أهمية كبيرة بالمسجد النبوي وذلك بالرعاية والاهتمام على مدار الساعة من خلال الرعاية المتواصلة الآلية اليومية للتطهير والتعطير بجنبات المسجد النبوي.
وتقوم الهيئة القائمة على نظافة وتطهير الحرم النبوي بغسل أرضيات المسجد النبوي وساحاته وسطحه خمس مرات يومياً، كما تعطر الأرضيات والسجاد بأجود أنواع الورد المديني.
أيضا يجري تنظيف وتعقيم 25000 سجادة يومياً ، إضافةً إلى تعقيم وتطهير مرافق المسجد النبوي ودورات المياه خمس مرات يومياً، كما تخصص الهيئة برنامجا خاص بالمظلات وفتحات التكييف والجدران يقوم على صيانتها والاهتمام بها على مدار الساعة.